Trên địa bàn thành phố có di tích được công nhận là di tích lịch sử - văn hoá cấp quốc gia đó là:
Khu di tích lịch sử Nguyễn Thái Học: Nằm trong khuôn viên của công viên Yên Hoà, khu di tích lịch sử Nguyễn Thái Học được thiết kế vừa mang dáng dấp kiến trúc hiện đại hoà quyện với kiến trúc truyền thống của dân tộc. Khu di tích lịch sử Nguyễn Thái Học gồm nhiều hạng mục công trình. Phần chính là khu mộ có diện tích 300m2 bao quanh là 17 cột trụ mỗi cột có chiều cao 5 mét. Các cột trụ được nối bằng một vòng tròn khuyết tượng trưng cho 17 liệt sỹ bị thực dân Pháp xử chém trong cuộc khởi nghĩa Yên Bái. Vành tròn khuyết tượng trưng cho sự nghiệp dang dở của cuộc khởi nghĩa với tư tưởng chỉ đạo là “Không thành công cũng thành nhân” của tổ chức Việt Nam Quốc dân Đảng năm 1930. Có 2 mộ xây gạch ốp lát chính là nơi yên nghỉ của các liệt sỹ. Nhà bia tưởng niệm được làm từ đá cẩm thạch trên đó khắc tên 17 liệt sỹ, phủ nhũ vàng trang trọng nhằm lưu danh muôn đời. Mái nhà bia được gắn ngói mũi hài trên bê tông nghiêng tăng thêm độ bền và ý tưởng kiến trúc của ngôi nhà cổ Việt Nam làm hài hoà khu vực trọng tâm của di tích. Phần tượng đài có diện tích chính là 56m2, nhóm tượng đài gồm 5 nhân vật: Nguyễn Thái Học, Nguyễn Khắc Nhu, Phó Đức Chính, Nguyễn Thị Giang, Ngô Hải Hoàng với chiều cao trung bình các nhân vật là 6m với chất liệu bằng bê tông phủ kẽm. Các hạng mục phụ như nhà đón tiếp, sân tượng đài, đường lát đá, cây cảnh, hồ nước tạo nên một vẻ đẹp trang trọng của khu di tích được Bộ văn hoá thông tin xếp hạng. Khu di tích lịch sử Nguyễn Thái Học là một trong những điểm đến thăm quan, tưởng niệm của khách trong nước và quốc tế khi đến với thành phố Yên Bái.
Lễ đài tưởng niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh: Lễ đài tưởng niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh đặt tại khán đài A - sân vận động của tỉnh. Ngày 25 tháng 9 năm 1958, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã nói chuyện với cán bộ, đảng viên và nhân dân các dân tộc tỉnh Yên Bái. Lễ đài tưởng niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh được Bộ VHTT xếp hạng là Di tích lịch sử văn hoá theo quyết định số 1288/VH-QĐ ngày 16 tháng 1 năm 1989. Nơi đây, trong các ngày kỷ niệm trọng đại, các cơ quan, đoàn thể, tổ chức tập thể, cá nhân đã tới tổ chức lễ dâng hương tưởng nhớ và báo công với Bác.
Tại thành phố có quần thể tôn giáo, tín ngưỡng như:
Đền Tuần Quán là một ngôi đền cổ có từ thế kỷ XIV thời nhà Lê. Sách Đại Nam nhất thống chí (Quốc sử quán triều Nguyễn) có ghi: “Đền thờ thần Diệp phu nhân ở xã Bách Lẫm, huyện Trấn Yên tương truyền là vị công chúa có tên là Hưng Nương con vua Trần Anh Tông. Là đền tối linh ở sông Thao các triều đều gọi khác là Quốc mẫu Thánh Âm từ bà Âu Cơ. Ngôi đền đã có nhiều trăm năm tồn tại trong đời sống tín ngưỡng của nhân dân địa phương gắn liền với lịch sử Yên Bái, năm 1721 nhà Lê đặt Quán Tuần. Trong “Kiến văn tiểu lục” của Lê Quý Đôn xuất bản dưới triều Lê năm 1777 có ghi địa danh Tuần Quán, nơi đây là mốc để tính các lộ đường xuôi ngược. Các triều đại phong kiến như hậu Lê, triều Nguyễn đều có sắc phong của Vua cho đền. Năm 1930, những nghĩa quân của Việt Nam Quốc dân đảng do lãnh tụ Nguyễn Thái Học lãnh đạo đã lấy đây làm nơi trú quân trước khi tiến hành cuộc khởi nghĩa rạng sáng ngày 10 tháng 2.
Năm 1965, trong cuộc chiến tranh phá hoạt của đế quốc Mỹ lần thứ nhất, ngôi đền đã bị phá huỷ. Ngày nay đền được xây dựng lại theo đúng trên nền cũ và hàng năm tổ chức đón khách thập phương đến thăm.
Đền - Chùa Bách Lẫm: Đây là ngôi đền - chùa có lịch sử hàng trăm năm nay. Qua 2 cuộc kháng chiến chống Pháp và chống Mỹ, đền - chùa đã bị hư hỏng nặng. Thể theo nguyện vọng của bà con phật tử địa phương, năm 1994, Uỷ ban nhân dân tỉnh đã cho phép tôn tạo, xây dựng lại đền - chùa Bách Lẫm trên nền cũ. Văn bia của chùa được khắc vào năm 1908 viết về thắng cảnh của chùa Bách Lẫm như sau: “Quê ta có dòng sông Triệu Thuỷ, có rừng đào Lẫm Sơn, quả là nơi danh thắng của hạt Yên Bái cổ tích bấy nay, có đền thờ thần, có chùa phụng Phật. Song, trải sơn binh hoả, giang sơn đã lắm đổi thay”...
Đền - chùa Bách Lẫm có thờ thần Tản Viên Sơn Thanh và các vị thủ lĩnh địa phương có liên quan đến các cuộc kháng chiến chống Nguyên - Mông, Minh, Thanh. Chùa Bách Lẫm thờ Phật giáo theo phái Đại thừa, hệ thống tượng trong Chùa có giá trị thẩm mỹ. Hàng năm, vào ngày Mão đầu năm, nhân dân trong vùng và khách thập phương đến chùa đông như trẩy hội.
Chùa Ngọc Am là ngôi chùa có lịch sử hơn 100 năm nay. Trước đây chùa có tên là Tùng Lâm Tự. Trụ trì chùa là một sư tổ, Cụ đã viên tịch năm 1967, hưởng thọ 104 tuổi. Nơi đây cũng là nơi tu luyện của Pháp chủ Thích Tâm Trịnh - Nguyên phó chủ tịch Giáo hội Phật giáo Việt Nam từ khi ngài 16 tuổi. Năm 1965, chùa bị giặc Mỹ tàn phá nặng nề. Từ năm 1996 đến 1999, thể theo nguyện vọng của nhân dân, Uỷ ban nhân dân tỉnh đã cho phép xây dựng lại chùa trên nền cũ. Hội Phật giáo Việt Nam đã cho phép chùa có sư trụ trì.
Trong đời sống tín ngưỡng của mình đặc biệt là các di tích về Phật giáo trên địa bàn thành phố Yên Bái đều có liên quan đến truyền thống trọng người tài của đất nước. Trong các đền, chùa thờ các vị nhân tài, tướng giỏi hoá thần, hoá thánh do nhà Vua là con trời trị vì thiên hạ. Nhà Vua phong sắc (tước) không chỉ cho các quan chức trên dưới mà cho các thần linh bốn cõi mà nhà Vua cai quản. Những người có công với nước, với dân cũng được phong làm thần, thánh hoặc do triều đình, hoặc do dân suy tôn.
Nhà thờ Yên Bái: Năm 1884, đạo Thiên Chúa có mặt tại đạo lỵ Yên Bái. Hiện nay toàn thành phố có 2 nhà thờ và 1 nhà nguyện. Nhà thờ lớn nhất của thành phố là nhà thờ Yên Bái. Hiện nay nhà thờ này đã được tu bổ, xây dựng lại với kiến trúc đẹp khang trang, đáp ứng được nhu cầu tín ngưỡng của giáo dân.