Đối với việc hoàn thuế, do năm 2016 có nhiều chính sách quản lý hoàn thuế GTGT mới được ban hành theo hướng hạn chế các trường hợp được hoàn thuế, quản lý chặt chẽ hơn công tác quản lý hoàn thuế như: Luật số 106/2016/QH13, Nghị định số 100/2016/NĐ-CP và Thông tư số 130/2016/TT-BTC; Thông tư số 99/2016/TT-BTC hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT bao gồm các nội dung tiếp nhận, trả kết quả và công khai việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế trên Cổng Thông tin điện tử của Tổng cục Thuế; quy định việc phân công, tiếp nhận, phân loại hồ sơ, giải quyết hoàn thuế đảm bảo chặt chẽ, tự động trên hệ thống ứng dụng quản lý thuế của ngành thuế, kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế; quản lý dự toán kinh phí chi hoàn thuế GTGT tập trung, thống nhất tại Tổng cục Thuế.

Trong công tác quản lý hoàn thuế, Cục Thuế đã thực hiện tốt công tác triển khai, hỗ trợ kịp thời về chính sách thuế cho các doanh nghiệp từ bộ phận tiếp nhận, phân loại, kiểm tra hồ sơ nên người nộp thuế đã có ý thức cao trong việc chấp hành ngay từ công tác kê khai thuế đảm bảo chính xác và đúng quy định. Việc thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn thuế đã đảm bảo theo đúng quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn hiện hành; thực hiện chức năng nhiệm vụ của các phòng/đội liên quan đến giải quyết hồ sơ hoàn thuế, kiểm tra sau hoàn thuế đúng quy định về Quy trình kiểm tra, Quy trình thanh tra thuế và Quy trình hoàn thuế của Tổng cục Thuế. Thời hạn ban hành Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước đảm bảo chậm nhất không quá 06 (sáu) ngày làm việc đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau; 40 (bốn mươi) ngày đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, qua đó đã đơn giản hóa về thủ tục hành chính và giảm thời gian giải quyết hoàn thuế, tạo thuận lợi cho người nộp thuế,

Kết quả giải quyết 100 % hồ sơ hoàn thuế giải quyết đúng hạn, không còn tồn đọng, tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế và đảm bảo đúng quy định của pháp luật.

Về quản lý rủi ro trong thanh tra, kiểm tra thuế, ngành Thuế đã phân tích thông tin, dữ liệu và áp dụng nguyên tắc rủi ro vào hoạt động thanh tra thuế, tập trung vào các doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro cao, có hoạt động giao dịch liên kết, chuyển giá, doanh nghiệp lỗ nhiều năm liên tục nhưng vẫn hoạt động và tiếp tục mở rộng sản xuất kinh doanh, doanh nghiệp có số nợ thuế lớn và các doanh nghiệp qua công tác phân tích hồ sơ khai thuế có dấu hiệu trốn thuế, các doanh nghiệp nhiều năm chưa thanh tra, kiểm tra thuế để lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra. Phân tích rủi ro từ chính sách thuế, từ thủ tục hành chính thuế, từ đối tượng nộp thuế, từ cán bộ thuế; hoặc rủi ro từ cấp mã số thuế, từ kê khai thuế, từ hoàn thuế, miễn giảm thuế... và nhận dạng rủi ro của từng hồ sơ doanh nghiệp với những vi phạm rủi ro cụ thể, chi tiết theo mức độ rủi ro, loại rủi ro và tính chất rủi ro làm cơ sở cho việc kiểm tra ban đầu các rủi ro phát hiện nhằm rút ngắn thời gian các cuộc thanh tra, kiểm tra thuế  xuống mức thấp nhất nhưng vẫn đảm bảo hiệu quả và chất lượng các cuộc thanh tra. Phối hợp chặt chẽ với các ban ngành, địa phương như: Công an, Chi cục quản lý thị trường, Sở Tài nguyên và Môi trường, Sở Y tế nhằm tăng cường thực hiện các giải pháp ngăn chặn, phát hiện xử lý kịp thời các hành vi vi phạm pháp luật thuế.

Về thời gian và kết quả xử lý khiếu nại, với tổng số đơn khiếu nại năm 2016 là 05 đơn. Quá trình tiếp nhận, xử lý và giải quyết đều đúng quy định. Không có đơn khiếu nại nào quá thời gian so với quy định.

Đặc biệt, công tác kê khai và nộp thuế điện tử cho người nộp thuế đã được triển khai cho tất cả các doanh nghiệp trên địa bàn toàn tỉnh. Ngành Thuế đã triển khai cung cấp và hỗ trợ sử dụng dịch vụ công trực tuyến mức độ 3 và 4, gồm: Website tra cứu thông tin người nộp thuế, Website hỏi đáp chính sách thuế, Dịch vụ hỗ trợ nộp tờ khai Online, tra cứu hóa đơn, dịch vụ hỗ trợ kê khai hồ sơ khai thuế qua mạng Internet, dịch vụ hỗ trợ Kê khai báo cáo hóa đơn qua mạng Internet, dịch vụ hỗ trợ Kê khai báo cáo tài chính qua mạng Internet, dịch vụ Nộp thuế qua mạng, đăng ký MST cá nhân và MST người phụ thuộc thông qua cơ quan chi trả… Bước đầu đã đem lại hiệu quả cao cho quá trình kê khai thuế và nộp thuế điện tử nhanh chóng, thuận tiện; Hệ thống quản lý thuế tập trung TMS, kết nối thông tin 4 ngành Thuế - Hải quan - Kho Bạc - Tài chính được duy trì thường xuyên, đem lại hiệu quả tích cực.

Kết quả  tỷ lệ doanh nghiệp đăng ký kê khai thuế điện tử đạt 100%; tỷ lệ nộp thuế điện tử đạt 95%, trên cả 3 chỉ tiêu về số người nộp, số chứng từ nộp và số tiền nộp... tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế và đảm bảo đúng quy định của pháp luật./.