Đảng bộ huyện Văn Yên hiện có 5.902 đảng viên sinh hoạt tại 54 chi, Đảng bộ trực thuộc và 446 chi bộ cơ sở. Xác định rõ nhiệm vụ nâng cao chất lượng, hiệu quả hoạt động của các chi bộ là yếu tố quan trọng hàng đầu nhằm nâng cao năng lực lãnh đạo và sức chiến đấu của tổ chức cơ sở Đảng, những năm qua, Đảng bộ huyện đã cụ thể hóa Chỉ thị số 10 của Ban Bí thư Trung ương Đảng và thực hiện ở các chi bộ, Đảng bộ trực thuộc.